Fundado por el Pbro. Miguel Giraldo Zuluaga y su hermano Rafael María, en predios donados por Isidro Gómez Jiménez abrió el 15 de agosto de 1838 bajo el patrocinio de San José con 80 alumnos procedentes de todo el cantón de Marinilla.

Dándose a conocer por toda NUEVA GRANADA como uno de los principales centros de instrucción en geometría, gramática, latín y castellano, además el curso completo de filosofía.

El 17 de diciembre de 1914 el Ministerio de Instrucción Pública, le otorga al colegio la facultad de expedir diplomas de bachiller en filosofía y letras.

En 1953 el presidente Roberto Urdaneta Arbeláez nacionaliza el plantel por medio del decreto 2818.

Para el 2002 se implementa la educación preescolar y básica primaria en cabeza del rector Armando Álvarez Álvarez.

Finalmente el 4 de febrero de 2003, la secretaria de  Educación Departamental fusiona dos establecimientos educativos con el nombre de: INSTITUCIÓN EDUCATIVA SAN JOSE; ellos son: El Instituto Nocturno “Monseñor Emilio Botero González” Tercera jornada y el Colegio Nacional San José, mediante resolución N° 9688 de 26 de Noviembre de 2004.

Actualmente se desempeña como rectora la licenciada María Cecilia Zapata, quien ha propiciado espacios de sana convivencia y mejoramiento académico de toda la comunidad educativa.